१. प्रशासन तथा योजना महाशाखा

• कर्मचारी प्रशासन शाखा

• आर्थिक प्रशासन शाखा

• नीति, योजना तथा अनुगमन शाखा

• कानून तथा फैसला कार्यान्वयन शाखा

• बाल संरक्षण तथा विकास शाखा

२. महिला सशक्तीकरण महाशाखा

• मानव बेचबिखन तथा ओसारपसार नियन्त्रण शाखा

• महिला विकास तथा लैङ्गिक मूलप्रवाहीकरण शाखा

• लैङ्गिक हिंसा निवारण शाखा

• तथ्यांक विश्लेषण तथा प्रकाशन शाखा

• राष्ट्रपति महिला उत्थान कार्यक्रम इकाई

३. सामाजिक समन्वय महाशाखा

• ज्येष्ठ नागरिक शाखा

• अपाङ्गता अधिकार र प्रवर्द्धन शाखा

• संघ संस्था शाखा

• समन्वय शाखा